Δώδεκα από τις δεκατρείς ιστορικές Κοινότητες της Σαντορίνης συνενώθηκαν σε ενιαίο Δήμο με τον νόμο 2539/1997 (σχέδιο «Καποδίστριας»). Με τον ίδιο νόμο η Κοινότητα Οίας συνενώθηκε με την Κοινότητα του αδελφικού νησιού, της Θηρασιάς.
Με αυτό το σχήμα τα νησιά μας διοικήθηκαν από το 1999 μέχρι το 2010, οπότε πλέον, με τον ν. 3852/2010, το επονομαζόμενο «Σχέδιο Καλλικράτης» ο Δήμος Θήρας συμπεριέλαβε την Κοινότητα Οίας-Θηρασίας σε ένα ενιαίο διοικητικό μόρφωμα που καλύπτει ολόκληρο το σύμπλεγμα των νησιών της Σαντορίνης. Διοικείται από το Δήμαρχο και Δημοτικό Συμβούλιο που εκλέγονται κάθε 5 έτη με καθολική ψηφοφορία.
Όπως κάθε δήμος, χωρίζεται σε διαμερίσματα με την ονομασία «δημοτικές ενότητες» και αυτές με τη σειρά τους σε «κοινότητες». Οι τελευταίες διαθέτουν δικά τους συμβούλια, ο ρόλος αυτών όμως είναι συμβουλευτικός και δεν μπορούν να λάβουν αποφάσεις.
Ο Δήμος μας συντίθεται από τις Δημοτικές Ενότητες Θήρας και Οίας, που υποδιαιρούνται με τη σειρά τους στις Δημοτικές Κοινότητες που αντιστοιχούν στις ιστορικές Κοινότητες των νησιών: Θηρασιά, Οία, Βουρβούλος, Ημεροβίγλι, Φηρά, Καρτεράδος, Μεσαριά, Βόθωνας, Επισκοπή Γωνιάς (Καμάρι-Μέσα Γωνιά), Έξω Γωνιά, Πύργος, Μεγαλοχώρι, Εμπορείο, Ακρωτήρι.
Ο Δήμος Θήρας αποτελεί οργανικό κομμάτι της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου με έδρα την Ερμούπολη της Σύρου και, περαιτέρω, της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αιγαίου, με έδρα τον Πειραιά.
Μαζί με τους Δήμους Ιητών, Σικίνου, Φολεγάνδρου και Ανάφης συγκροτεί την Περιφερειακή Ενότητα Θήρας.
Σύμφωνα με την απογραφή του 2012 οι πολίτες που κατοικούν μόνιμα στο Δήμο μας ανέρχονται σε 15550.